Innocente III được coi là nhà cải cách trong nội bộ Giáo hội. Ông cổ động việc học hành và giảng thuyết, ra nhiều sắc dụ chống mại thánh và tội phóng túng, nghiên cứu và nhắc nhở từng địa phận, hỗ trợ các Dòng tu, đặc biệt là Xitô và các dòng hành khất.

Ông đã tán thành các dòng tu mới của những người sống khó nghèo, còn được gọi là Tu Sĩ Khất Thực, được sáng lập bởi Phanxicô thành Assisi (1209) và Thánh Ðaminh Guzman (1215). Innôxentê III còn đem trở về với Giáo hội Công giáo các tổ chức trước đây lìa bỏ Giáo hội như Hội Người Nghèo ở Lyons, do Durand ở Huesca lãnh đạo, và Hội Người Công giáo Khó Nghèo.

Tôn giáo Pháp đình được Innocent III thiết lập và đã được kiện toàn dưới đời cai trị của Giáo hoàng Grêgôriô IX. Ấy là tòa án của Giáo hội để khám phá và hình phạt những người theo tà giáo.

Dưới chế độ của Tôn giáo Pháp đình, ai nấy buộc phải tố cáo kẻ theo tà giáo. Ai nào bị nghi ngờ theo tà giáo thì bị tra khảo, mà không biết tên kẻ tố cáo mình là gì. Sự điều tra tiến hành bí mật. Viên chánh thẩm của Tôn giáo Pháp đình tuyên án, rồi nạn nhân bị giao cho chức quyền hành chính để bỏ tù chung thân hoặc để thiêu chết. Tài sản của nạn nhân bị tịch thâu, rồi cho Giáo hội và nhà nước chia nhau.